در دوازدهمین جلسه از دوره «مدخل علم کلام»، استاد با نگاهی کلان و انتقادی، به بازخوانی جایگاه علم کلام در منظومه معارف اسلامی می‌پردازد. این جلسه با تمرکز بر مفهوم «کلام به‌مثابه علم مادر» و نسبت آن با فقه، عرفان، فلسفه، تاریخ و علوم انسانی، ساختار موجود حوزه را از منظر روش‌شناسی، منبع‌شناسی و غایت‌شناسی به چالش می‌کشد. استاد با تأکید بر توحید به‌عنوان حقیقت‌الحقایق و انسان به‌عنوان خلیفه خداوند، علم کلام را ناظر به «تبیین حقیقت هستی» و فقه را ناظر به «نظام اعمال انسان» معرفی می‌کند. پیوند دوباره قرآن با علوم و خروج از وضعیت فعلی، محور این بازسازی علمی معرفی می‌شود.